มีความจำเป็นของการทำงานเฝ้าระวังและพัฒนาระบบยาอย่างต่อเนื่อง เพราะยาเป็นหนึ่งในปัจจัยสี่ และเป็นเทคโนโลยีทางการแพทย์ที่สำคัญต่อการบริการสุขภาพ นอกจากนี้จากการเกิดโรคเรื้อรังที่ไม่ใช่โรคติดเชื้อ ต้องมีการรับประทานยาต่อเนื่องยาวนาน คนต้องพึ่งยามากขึ้น ด้วยคาดหวังการมียาดีปลอดภัย เข้าถึงได้ และใช้อย่างถูกต้อง ดังนั้นหากมียาที่ไม่ปลอดภัย กระจายไปสู่ผู้ใช้อย่างไม่ถูกต้อง หรือการที่ผู้ป่วยเข้าไม่ถึงยาที่ดีมีคุณภาพ หรือการใช้อย่างไม่ถูกต้อง (ทั้งจากบุคลากรสุขภาพ หรือผู้บริโภค) เหล่านี้ล้วนมีผลกระทบต่อสุขภาวะของทุกคน บางครั้งปัญหามิได้กระทบแค่บุคคลที่รับประทานยานั้น แต่กระทบสังคมโดยกว้าง นั่นคือการเกิดเชื้อดื้อยาต้านจุลชีพ จึงจำเป็นต้องมีการเฝ้าระวังระบบยา ที่รวมถึงยา สถานการณ์ยา และนโยบายยา จากผู้เกี่ยวข้องทุกฝ่าย เพื่อร่วมกันจัดการระบบยา จัดทำข้อเสนอแนะทางนโยบาย ทางโครงสร้าง และการปฏิบัติงานจริง ตลอดจนการติดตามการทำงานของหน่วยงานรับผิดชอบอย่างต่อเนื่อง โดยเดิมผ่านแผนงานพัฒนากลไกเฝ้าระวังระบบยา (กพย.) ซึ่งเป็นแกนในการพัฒนากลไกเครือข่ายเฝ้าระวังในระดับต่าง ๆ และเสริมด้วยการพัฒนาชุดความรู้ การจัดการความรู้ จัดทำฐานข้อมูล ด้วยคาดหวังให้เกิดการสร้างความเข้มแข็งภาคประชาชน ร่วมกับการบูรณาการกับองค์การหน่วยงานภาครัฐต่าง ๆ เพื่อร่วมกันพัฒนากลไกเฝ้าระวังและพัฒนาระบบยา ซึ่งจะพัฒนาไปเป็นศูนย์วิชาการเฝ้าระวังและพัฒนาระบบยา ซึ่งเป็นสถาบันทางวิชาการในการสนับสนุนกลไกเฝ้าระวังและพัฒนาระบบยา ต่อไป
ศูนย์วิชาการเฝ้าระวังและพัฒนาระบบยา (กพย.) เริ่มก่อตั้งครั้งแรกในชื่อ แผนงานสร้างกลไกเฝ้าระวังและพัฒนาระบบยา (กพย.) ได้ดำเนินการด้านระบบยามาอย่างต่อเนื่อง และได้รับทุนสนับสนุนจาก สำนักงานกองทุนสนับสนุนการสร้างเสริมสุขภาพ (สสส.) ในการจัดทำรายงานแผนพัฒนาระบบยาเพื่อการคุ้มครองผู้บริโภคปี 2550 ด้วยเล็งเห็นความสำคัญของผลกระทบจากความเสี่ยงที่เกิดจากระบบยาที่มีต่อ สุขภาพ หากมีกลไกที่เข้มแข็งในการติดตามเฝ้าระวัง และจัดการความรู้เพื่อพัฒนาระบบยา จะสามารถลดความเสี่ยงและป้องกันอันตรายที่จะเกิดขึ้นได้ เป็นประโยชน์ต่อการสร้างเสริมสุขภาพ
ในการดำเนินงานระยะที่ 2 กพย. ได้เปลี่ยนชื่อเป็น "แผนงานพัฒนากลไกเฝ้าระวังระบบยา" เพื่อสร้างต้นแบบระบบเฝ้าระวังการดำเนินงานตามนโยบายแห่งชาติด้านยาและยุทธศาสตร์พัฒนาระบบยาแห่งชาติ ด้วยการผนึกกำลังภาคีเครือข่าย โดยเฉพาะจากภาควิชาการ ภาควิชาชีพ และภาคประชาสังคม ทำหน้าที่เป็นกลไกเฝ้าระวังระบบยาแบบครบวงจร สะท้อนสภาพปัญหาจากพื้นที่ พร้อมทั้งจัดการความรู้เรื่องนี้อย่างต่อเนื่อง โดยร่วมกับฝ่ายวิชาการ เพื่อเสนอแนะอย่างเป็นรูปธรรมต่อหน่วยงานที่เกี่ยวข้องใน 3 ประเด็นนโยบายสำคัญ คือ เรื่องยาที่มีประสิทธิผลและปลอดภัย การเข้าถึงยา และการใช้ยาอย่างสมเหตุผล ซึ่งเป็นประเด็นที่หลายภาคส่วนร่วมกันให้ความเห็นว่าเป็นประเด็นที่มีความสำคัญเร่งด่วน นอกจากนี้ จะได้พัฒนาข้อเสนอแนะเพื่อเตรียมการพัฒนาให้เกิดกองทุนเฝ้าระวังและส่งเสริมการใช้ยาอย่างสมเหตุผล เพื่อลดปัจจัยเสี่ยงด้านยาของประชาชน และส่งเสริมการดำเนินงานตามมติสมัชชาสุขภาพแห่งชาติรวมถึงมติคณะรัฐมนตรีที่เกี่ยวข้องในเรื่องนี้
ในการดำเนินงานระยะที่ 3 นี้ กพย. ได้เปลี่ยนชื่อเป็น ศูนย์วิชาการเฝ้าระวังและพัฒนาระบบยา
